CVE-2026-31973

SAMtools is a program for reading, manipulating and writing bioinformatics file formats. Starting in version 1.17, in the cram-size command, used to write information about how well CRAM files are compressed, a check to see if the `cram_decode_compression_header()` was missing. If the function returned an error, this could lead to a NULL pointer dereference. Exploiting this bug causes a NULL pointer dereference. Typically this will cause the program to crash. Versions 1.23.1, 1.22.2 and 1.21.1 include fixes for this issue. There is no workaround for this issue.
Configurations

Configuration 1 (hide)

OR cpe:2.3:a:samtools:samtools:*:*:*:*:*:*:*:*
cpe:2.3:a:samtools:samtools:*:*:*:*:*:*:*:*
cpe:2.3:a:samtools:samtools:1.23:*:*:*:*:*:*:*

History

17 Jun 2026, 10:34

Type Values Removed Values Added
Summary
  • (es) SAMtools es un programa para leer, manipular y escribir formatos de archivo bioinformáticos. A partir de la versión 1.17, en el comando cram-size, utilizado para escribir información sobre qué tan bien se comprimen los archivos CRAM, se omitió una comprobación para ver si 'cram_decode_compression_header()' estaba ausente. Si la función devolvía un error, esto podría llevar a una desreferenciación de puntero NULL. Explotar este error causa una desreferenciación de puntero NULL. Típicamente, esto hará que el programa falle. Las versiones 1.23.1, 1.22.2 y 1.21.1 incluyen correcciones para este problema. No hay una solución alternativa para este problema.

19 Mar 2026, 18:48

Type Values Removed Values Added
CPE cpe:2.3:a:samtools:samtools:*:*:*:*:*:*:*:*
cpe:2.3:a:samtools:samtools:1.23:*:*:*:*:*:*:*
First Time Samtools samtools
Samtools
CVSS v2 : unknown
v3 : unknown
v2 : unknown
v3 : 7.5
References () https://github.com/samtools/samtools/commit/06fc2a219b3d7c94d3f412c09f6d1efd51199f2f - () https://github.com/samtools/samtools/commit/06fc2a219b3d7c94d3f412c09f6d1efd51199f2f - Patch
References () https://github.com/samtools/samtools/security/advisories/GHSA-x86f-q6fj-cm43 - () https://github.com/samtools/samtools/security/advisories/GHSA-x86f-q6fj-cm43 - Vendor Advisory
References () http://www.openwall.com/lists/oss-security/2026/03/18/12 - () http://www.openwall.com/lists/oss-security/2026/03/18/12 - Mailing List, Third Party Advisory

19 Mar 2026, 00:16

Type Values Removed Values Added
New CVE

Information

Published : 2026-03-18 21:16

Updated : 2026-06-17 10:34


NVD link : CVE-2026-31973

Mitre link : CVE-2026-31973

CVE.ORG link : CVE-2026-31973


JSON object : View

Products Affected

samtools

  • samtools
CWE
CWE-476

NULL Pointer Dereference